为实现脱碳社会,让蘑菇发挥最大限度的力量<后篇>
五十岚教授(微生物学家)
 
文/神吉弘邦 照片提供/MOTOKO
text_Hirokuni Kanki
photos_MOTOKO
我是“酶粉儿”的理由

您手中的是什么模型?

五十岚教授

这是放大约1,600万倍的“纤维素酶”模型。下面这部分是纤维素。仔细看就会发现,葡萄糖(糖)是一个个连在接起来的,连得很长。
纤维素酶在纤维素上面一边移动一边刨削,我经常把它形容为,就像“用刨子刨木板”一样,不断将纤维素撕裂。

在第7届“对话酶”活动中,终于看到小酶同学的“真人版”啦!跟图解不同,现在可谓是一目了然。

五十岚教授

让我们来看一下纤维素酶的内部,纤维素将从葡萄糖相连的地方一根根地被取出来,然后将葡萄糖一个个地撕下来取出,这便是发生反应时的情形。
酶的大小只有10纳米左右,我们称之为“纳米机器”,它们能从纤维素中拉出仅有0.5纳米左右的葡萄糖。即,数以亿计的酶分子在反应液中不断运转,将生物质逐渐转化为糖。

五十岚教授

人类能够制造出如此精密的纳米机器的时代会到来吗?努努力的话,或许我们可以通过化学手段制造出类似酶的东西。事实上,在2021年,诺贝尔化学奖就颁发给了一项“不对称有机催化剂”的研究。
不过,在我看来,那是生物已经在使用的酶,我认为,“因为是人工制造出来的,所以就被认为很厉害,那直接用生物岂不是更好”。如果要从零开始制造酶,人类瞬间就会举白旗。但如果是生物已经在使用的酶,人类也可以利用。我成为“酶粉儿”的原因就在于此。

关于地球上有多少种微生物这个问题,有一种说法是可达1万亿种。大自然利用原型(试做品)制作出如此多种多样的微生物,真是了不起。人类工业社会只会制造有意义的东西,但自然界在制造微生物时却从不在乎有没有意义。

五十岚教授

不管有没有意义,自然界都会不断地制造。大家刚刚在模型中看到的纤维素酶由两部分组成。首先一部分就像一个“传感器”,用来寻找纤维素。纤维素酶依靠这部分黏附到纤维素上,将其找出来。后面那部分会将纤维素“拉进来并切断”。也就是说,纤维素酶会一边寻找一边捕捉,紧抓不放地把纤维素拽过来,实在是一种非常厉害的机制。

五十岚教授

而且,它没有视觉,也没有嗅觉,也没有个人意志。它实际上就是一台仅依靠纯粹的化学反应运行的机器。

将自然界的机制直接运用到社会中

人类想要制作出像酶那样的纳米机器有很多的困难,其中最大的困难是什么?

五十岚教授

化学反应究竟是如何发生的?人类至今依然没有找到答案。像我刚刚说的那样,纤维素酶会将纤维素“拉进来并切断”。也就是说,有些事情人类必须使用硫酸溶化掉物体表面才能做到,但酶却拥有一种机制,可以在我们想要切断的某一个点上即刻发生化学反应。
因此我觉得只要我们只要掌握了这种机制,就能设计它。但是,明明自然界中已经存在这种机制了,我们为什么还要大费周章地重新设计它呢?这一点便是我的疑问。。

您的研究方向不是对已存在的机制进行重新设计吧?

五十岚教授

是的。因为,我认为这种重新设计只是在展示自然界有多厉害。我觉得“既然自然界已经运转得这么好了,人类若能跟着它一起运转,岂不是更快?”

您认为取得怎样的研究成果才能应用于产业发展呢?

五十岚教授

正如小酶同学刚刚所说,在当今的工业社会,酶的速度根本比不上人类所使用的化学反应的速度。不过我觉得应该有方法可以提高其速度,只不过是人类还没有学会熟练地使用酶而已。
就拿我研究的纤维素酶为例,如果我们不知道它是如何切断纤维素的,何谈提高速度。所以就要从“如何切断”这一点开始进行基础研究。

我们酶最初只是连接在一起的氨基酸而已。经历了漫长的岁月洗礼后,为什么会变成现在这种形态?为什么会发挥这样的作用?全世界的研究者们都正在努力为我们解开这个谜题。

五十岚教授

说得再具体些的话,我最具代表性的一项研究就是:研究如何消除纤维素表面形成的纤维素酶造成的“堵塞”课题。

这就像道路上发生的交通堵塞一样吗?

五十岚教授

是的。一旦发生堵塞,酶与酶之间就会互相阻塞,无法向前移动,从而导致分解速度下降。因此要想提高分解速度,只要消除堵塞即可。
我们想到的方法是在纤维素上的不同部位开很多切口,这样酶就可以从很多地方输送过来。那么怎样才能做出这样的切口呢?我们就这样一步一步地推进研究的。

人类只是还没有学会熟练地使用酶

顺便问一下,您研究室里挂着的那个相框是?

五十岚教授

这是我们的研究被认定为“吉尼斯世界纪录®”的证书,内容是我们用全球最高分辨率解析了酶的结晶结构。

五十岚教授

我们曾经做过一个名为“在宇宙中制作蛋白质结晶”的项目,当时我们成功地制造出了非常漂亮的结晶。
当我们用X光照射结晶时,得到了令人难以置信的高分辨率。当时,和我一起做研究的一个学生随口说了句“这对科学进步并没有任何意义,也就只能申请个吉尼斯世界记录了”。于是我便说“那就申请试试吧”。

就如,我在体检时拍的X光片,如此清晰可见的感觉一样吧?

五十岚教授

毕竟,分辨率提高后,看到的东西也不一样。甚至连蛋白质的软硬度都能看得一清二楚哦。通常,我们会根据计算做出判断,说“这部分可能部分已经硬化”,而分辨率提高后,碳、氧等原子的硬度可以看得非常清晰。
相反的,柔软的地方略显蓬松,会有运动。你能看到很多圆圆的原子。看到那些的时候,我真的很感动。

解说与多所大学通过产学协同联合推进的宇宙新材料应用项目的宣传板
(指导:Kudo Mitsuko 插图:Uchida Hiroko)

那种差别就像是同为体重计,但有的只能测量体重,而有的还能测量体脂一样得感觉吧?

五十岚教授

是的。就好像所有数据都可见的感觉。后来我们开始思考一种全新的酶反应机制,我觉得也是得益于分辨率的提高,所以我认为当时的研究应该也是有助于推动科学进步的吧。

与普通的化学催化剂相比,我们酶体由很多分子组成。在这种高分子(聚合物)状态下,我认为很多要素都会对我们造成很大的影响吧。

五十岚教授

这个话题比较专业,在酶和其他氨基酸中,与其他原子得氢键键合的模式完全不同。酶能够很好地利用这种氢键,将之引导至其想要引起反应的地方,可以用氢键连接形成网络进行水解。只要提高分辨率,这些就都能看得见。

我们酶为什么如此充满活力?是如何做到这些事情的?相信五十岚教授和其他研究者们会不断为我们揭开这些谜团。

五十岚教授

如果小酶同学不知道自己为什么可以做这些事情,我想我们可以站在第三者的角度来观察,帮助小酶同学找到自身的厉害之处。

听起来好像会变成我的私人教练一样!

五十岚教授

我认为,只要我们人类与自然携手并进,不断追求,就一定能利用酶建立起一个不破坏地球自然环境的社会。这就是我长期从事酶的研究工作,却从未感到厌倦的原因。

也就是说,不是彻底废除当前的整个社会,而是要逐步改变它。

五十岚教授

是的。如今就有很多部分已经被酶取代了。我相信,今后酶会发挥出越来越多的作用。

【天野的感想】
自然界不会像工业社会那样进行设计,而是孕育多样性,让需要的东西自己出现,这也是它最睿智最神奇的地方。我认为,这是一个非常了不起的系统,它可以创造出“更大的多样性”,而不是针对性地为了某个特定的目的而创造。我们人类可以从中学到很多东西。

酶活跃在这个世界的每个角落,我们正在探寻它们全新的可能性。
在本栏目中,我们会与“小酶同学”一起探访如今活跃在各个领域的人们,听他们讲述自己的故事。